Я ничего не понял, но на всякий случай - для рута он просто спрашивает пароль вместо использования ключей, или вообще отказывается соединятся даже если ты вводишь пароль?
В смысле я на PermitRootLogin в sshd_config намекаю...
Ну так, на всякий случай :)