Не зная сути, но из текста следует что Газпром заплатил за транзит больше положенного на какой-то момент времени.
Нафтогаз зачел это в счёт долга.
Вероятно, когда одна компания переплачивает другой, то вторая должна платить проценты, потому как это получается вроде кредита.
Если это так, то действия Нафтогаз логичны. За то что переплатили, они проценты платить не будут, потому как оно идёт в счёт погашения долга.