Mplab x ide - mainstream. Там и с компайлеры бесплатные.
Pickit 3 шьет все что шевелиться практически, прям из под того же иде.
2 нюанса:
Надо смотреть что за чип, не у всех есть встроенный дебаггер, если нужна отладка.
Для этих целей продают специальные чипы для дебага, они по размерам могут быть разнае и рассчитаны на панельку. В готовой системе трудно присобачить. Если дебаг не нужен или чип поддерживает, то ок.
2. Разводку платы надо делать, чтоб позволяла программировать ин плейс. Есть в каждом мануале