Какова задача? Полноценного бесплатного PCI IP для FPGA вроде не существует. Хотя я давно этим не интересовался, так что может мои сведения и устарели. Если нужен простой target, то можно что-то слепить конечно, в противном случае легче поставить внешний PCI чип. Также, раньше была проблема с платами, на которых PCI был реализован в FPGA, которая заключалась в том, что они зачастую не были готовы в момент когда система производит опрос устройств и распределение ресурсов при стартапе. Не знаю как это решается в наши дни.