::Потом другой процесс их берёт, процессит (вычислений мало, но немного есть) и суёт в БД - это примерно 50-100 sql операций на файл.
Он сует прямо в БД или типа стайжинг таблицы?

::Потом третий процесс - строит отчёты из БД.
какие репорты: daily, monthly,quarterly and etc?
Какая у вас база данных 3NF or star schema?
БД у вас партишн?