TIME_WAIT значит ждет с другого конца. Связь оборвалась, а не закрылась?
Жди таймаута.
Это на малине? Скоко ж там бай дефоулт, не по мню. То ли 2 то ли 15 минут.

А! Да. Рут с локальной машины и ремоутли имеет разные привилегии, афаир.
Попробуй с локальной машины законнектится просто "mysql -u root" и через хост:
"mysql -u root -h xost"

Глянь короче таблицу mysql.user;
mysql> select Host, User from user;