В феврале 1994 года Варенников стал единственным из подсудимых по делу ГКЧП, который отказался принять амнистию[11] и предстал перед судом. 11 августа 1994 Варенников был оправдан за отсутствием состава преступления, в связи с тем, что он выполнял приказ вышестоящего начальника[12]. Также в приговоре было указано следующее:
« Совершая инкриминированные ему действия, он не располагал достоверными данными, позволяющими считать, что происходящие события фактически противоречат воле Президента СССР- Главнокомандующего Вооруженными Силами государства. Мотивами и целью содеянного им были не корыстные побуждения или иная личная заинтересованность, а сохранение и укрепление своего государства, что соответствовало воле народа, высказанной на референдуме 17 марта 1991 г.[