Была ошибка в атмеловской программе, я мерял 1001 миллисендный импульс.
2. Протактировал асинхронную запись в параллельный регистр главным клоком.

Сейчас получаю отклонение максимум до 120 Гц от 10.0 МГц.
Девиация гуляет каждую секунду.
100 Гц примерно. Наверное, от температуры, питания..