в файловой системе длинный файл записан в блоки связанные в цепочку. Причем порядок следования блоков случаен. В ФАТ была ФАТ таблица, которая по сути карта диска в блоках и на месте каждого блока записывался номер блока с которым он связан, а в структуре директории указывался номер первого блока. Проверка заполненности диска делается по сканированию ФАТ таблицы, где для пустого места (битого блока и др специальные случаи) было специфическое число. Все места, в которых нет признака пустого места считаются занятыми (плюс поврежденные, отмеченные другим спец числом).
Так вот если стереть файл и не очистить цепочку, то система будет видеть, что файл занимает диск, а самого файла не будет.
Keyword: lost chains