прерыванием. Я такие системы сам делал. Однако не вижу практической необходимости для такой апликации на системе с Линукс. Там об энергопотреблении не думают особо. Правда у процессора с ПМЕКом есть алгоритмы снижения тока и напряжения питания если нет нагрузки, но это на несколько порядков больше чем таймер 32 килогерц.
Да в Линикс машине несколько чипов стоит со своим кварцем. УСБ ФАЙ, Етернет ФАЙ, какой-нибудь ХДМИ выход. И их не тормозят.

Я говорю, что такая спящая система это специальный дезайн.