Посмотрел повнимательнее этот скрипт. Вроде все опции битгена он ставит по умолчанию, во-всяком случае unused pins и CCLK... Возник глупый вопрос, для правильного ли девайса ты компилировал свой файл? Согласно скрипту должно быть вот так:

"PROP_DevFamily" "Spartan3"
"PROP_DevDevice" "xc3s400"
"PROP_DevPackage" "tq144"

Еще ISE бывает просто переклинивает и тогда помогает сделать Project / Cleanup Project Files.