Если Windows 7, то SSD для системы и HDD для юсерских файлов. Если XP - у SSD могут быть проблемы с долговечностью, потому что XP не пддерживает TRIM.

Если диск заполнен, то чек диск будет работать дольше, чем на незаполненном. Хотя 13% за 8 часов - медленновато как-то. У мнея с внешними 2 ТБ драйвом на 80% заполненном чек диск за несколько часов справлялся и находил и исправлял проблемы в файловой системе.